船舶進出港口以及在港停泊期間，因使用港口水域、航道、兩岸物流泊位(碼頭、浮筒、錨地等)，裝卸和申請港口有關機構提供的各項服務如引航、拖輪等，按規定要支付的各種費用，統稱為“港口小三通使用費”。
一、有關船舶的費用
這類費用是向船方征收的費用，通常以船舶的總噸位或淨噸位為計費的主要依據。這類費用包括下列方面：
(1)船舶噸稅這是國際航行船舶進入港口時，由主權國家海關征收的一種關稅。通常按船舶淨噸位分為若干級別制定稅率，以1個月、3個月或1年為計征期。在一個計征期內，同一船舶不論進港幾次，只收一次噸稅。凡與港口所在國家簽訂的貿易、通航協定中，有“優惠國條款”規定者，可享有最惠國待遇，按優惠稅率計征。物流公司
(2)船舶港務費這是船舶進出港口和在港停泊期間，因使用港口的水域、航道和停泊地點，應按規定向港口當局交付的費用。有的港口把港務費分成多種費目征收，如疏浚費、港口管理局費、水閘費等。船舶港務費通常按船舶噸位總噸位或淨噸位，以進出港合並征收一次。
(3)引航費國際航行船舶進出港口時，一般均是被強制引航的，為此船方必須支付按港口引航規定的引航費。各港的引航費計征辦法也不一致，有的按船舶噸位計收，有大陸貨運的按船舶吃水和噸位雙重因素計收。
(4)拖輪費、停泊費、系解纜費等這些費用是由提供這些勞務的管理部門，按規定的費率核收的，除期租船由承租人支付外，小三通貨運一般由船方支付。
(5) 燈標費、檢疫費、結關費等這些費用由有關的行政管理當局規定，並向船方核收。
除上述費用外，與船舶有關的費用還可包括倒垃圾費、交接船檢驗費、熏艙費、交通費、消防費、代理費等。
二、有關貨物的費用
這類費用因貨而發生，其數額與貨物的種類及數量有直接關系。它包括貨物港務費、搬運費、堆裝費、平艙費、開關艙費、堆兩岸貨運存保管費、駁運費、理貨費等。上述費用除貨物港務費由貨方負擔外，其余費用均應按提單或租船合同規定，由船方或貨方或承租人負擔。
三、其他
1、船員費用:包括船長借支，船員就醫遣返費等。
2、雜費:主要包括通訊郵電費，手續費，雜項費等。
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